年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲不惜触犯炼金术中最大的禁忌进行了人体炼成可是炼成失败了哥哥爱德华失去了左腿与右臂弟弟阿尔冯斯失去了肉体只能把灵魂附身在一副铠甲上为了偿还他们自己的罪找回失去的一切兄弟二人踏上了寻找传说中的贤者之石的旅程 几年后一位右臂与左腿都是由机械铠甲替代的国家炼金术士出现在人们的眼前他被称作钢之炼金术师
宇宙历八世纪末帝国历五世纪末在卡布契兰加行星之战建立功勋的莱茵哈特·冯·缪杰尔获得基地副司令官推荐晋升中尉成为宇宙舰队哈梅隆二号驱逐舰的航海长好友齐格飞·吉尔菲艾斯也晋升少尉成为该舰的保安主任出身贵族加之年纪尚轻两位好友甫一到来招致上到副舰长下到二等兵的颇多非议和不信任莱茵哈特和吉尔菲艾斯凭借勇猛果敢与超越阶级的平等观念赢得下级士兵的尊重在航行至亚特密尔恒星系时哈梅隆二号遭遇自由行星同盟舰队的伏击身受重伤的舰长临时将指挥权交予莱茵哈特但副舰长则强硬坚持自己的理念少年英雄的建功之路荆棘重重…… 本片根据田中芳树的经典科幻小说改编
