东京召开首脑会议地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」这是一座会议举办的5月1日当天将动用2万2千人警方人员的超巨大设施然而不料某天竟发生了突如其来的大规模爆炸事件其中出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织通称「ZERO」组织的成员安室透的身影为何不在会议当天而选择在会议之前引爆呢以及安室背地里诡异的行为让柯南感到事情蹊跷不已这时现场证物上留下的指纹竟然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合其中到底有什么阴谋围绕逮捕小五郎柯南和安室展开了交战安室透这个谜一般的存在究竟是敌是友「极秘任务」的倒计时此时已经无声无息地开始了
