创圣纪0011年的地球由于11年前的大异变人类丧失了2/3的人口
南极冰山溶化1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市捕获人类摄取生体能源「Purana」
另一方面人类决心反击从海底遗迹发掘岀三台组合hybrid战斗机「Vector Machine」这是1万2千年前将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器Vector Machine经过合体「机械天使Aquarion」即将现身
要启动Aquarion需要能与机体的机械生命感应和共鸣称为「Element」的人这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂因此十五岁左右的少年少女们被选为机师集中起来
而后「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…
