2055年手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称されプロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていたそんな中選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大門統合学園」に転入した少年『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは想像を超える出来事であった学園の地下に広がる直径10kmの巨大ジオラマ放課後にそこで繰り広げられる「ウォータイム」という学園独自の謎の規則そしてLBX完全破壊ロストによる退学…クラス委員長『出雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配属されたアラタとヒカルは転入した2年5組通称ジェノックのLBXプレイヤーとして幾多の思惑が渦巻く学園の謎を背景に壮絶な運命へと身を投じる――
