自那之后已经过去了5年Amazon几乎被驱除世界趋于和平但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大为此政府组成了新组织4C秘密驱除Amazon化的人类 其中幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优对于这样的优他第一次没有产生想吃的想并被她吸引着而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后作为Sigma型而复活的Amazon
NORN9讲述在穿越时空所到达的世界少年与3名少女及9位年轻人相遇少年与他们一同踏上了空中旅程他们开始旅程的理由是什么目的地又是哪里还有这个世界究竟是什么怀揣各种各样的疑问船正在前进朝向故事的终结编织羁绊的未来现在正要开始