1999年墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋與此同時地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM人類成立了對WORM組織ZECTZECT開發出幪面超人系統投入戰場與WORM展開激戰時間就在這場戰爭中渡過了七年
2006年在這個沙漠化的地球上部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清就在這時天道總司即是假面騎士KABUTO的出現令戰局產生極大變化
ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球於是提出「天空之梯子計劃」於大氣層的太空站設置巨型CLOCK UP機器製造轉移空間把彗星拉往地球製造出莫大的水源透過這個計劃ZECT的權力就會越趨龐大足以支配地球
ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」而從天道手上得知這項情報的NEO ZECT亦決定搶奪這個計劃壓抑ZECT繼續增大權力
為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想；
為了自由而戰的NEO ZECT戰士織田秀成和風間大介；
為了最愛的日和而戰的加賀美新還有目的完全不明的天道總司；
以及身份神秘的黃金假面騎士
在各人思想交錯的漩渦中假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…
